以Ubuntu系统(一个以桌面应用为主的Linux发行版操作系统)为例,安装实验日期为2018年4月05日
ParFlow安装版本为3.6,其它版本请预先确定兼容性,小心使用
安装intel编译器(可选)
如需要,首先要安装intel编译器(oneAPI)
1 2
| chmod +x l_BaseKit_b_2021.1.10.2261.sh sudo ./l_BaseKit_b_2021.1.10.2261.sh
|
一直确认,直到结束
1
| sudo ./l_HPCKit_b_2021.1.10.2477_offline.sh
|
一直确认,直到结束
随后,在 ~/.bashrc 中末尾写上以下命令
1
| source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
|
在终端中执行:
在终端中执行
如果出现下面的输出结果,表示安装成功
/opt/intel/oneapi/compiler/2021.1-beta10/linux/bin/intel64/ifort
环境配置
修改配置文件
修改配置文件,在~/.bashrc中末尾增加以下内容
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
| #========================================================= export F90=mpif90 export F77=mpif77 export FC=mpif90 export CC=mpicc export CXX=mpicxx
export PARFLOW_INS=$HOME/software/install_software/parflow_install export PARFLOW_DIR=$PARFLOW_INS/parflow-3.6.0 export SILO_DIR=$PARFLOW_INS/silo-4.10.2 export HYPRE_DIR=$PARFLOW_INS/hypre-2.9.0b export TCL_DIR=$PARFLOW_INS/tcl-8.6.7
export LD_LIBRARY_PATH=$SILO_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=$HYPRE_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=$TCL_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=$PARFLOW_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$SILO_DIR/bin:$PATH export PATH=$TCL_DIR/bin:$PATH export PATH=$PARFLOW_DIR/bin:$PATH #=========================================================
|
加载~/.bashrc
在终端执行
验证是否正常加载,继续执行以下命令
1 2 3 4 5 6 7
| which ifort echo $PARFLOW_INS echo $PARFLOW_DIR echo $SILO_DIR echo $HYPRE_DIR echo $TCL_DIR which $F90
|
安装所需软件包
准备好相应软件包(~/.bashrc中配置安装路径与软件包版本一致)。
以下步骤中,安装软件,每次都在~/software/source_software目录中执行命令。
安装silo
在~/software/source_software目录中
1 2 3 4
| tar -zxvf silo-4.10.2.tar.gz cd silo-4.10.2 ./configure --disable-silex --prefix=$SILO_DIR make all install
|
安装hypre
在~/software/source_software目录中
1 2 3 4
| tar -zxvf hypre-2.9.0b.tar.gz cd hypre-2.9.0b/src ./configure --prefix=$HYPRE_DIR --with-MPI make install
|
安装tclsh
在~/software/source_software目录中
1 2 3 4
| unzip tcl867-src.zip cd tcl8.6.7/unix ./configure --prefix=$TCL_DIR make install
|
在~/.bashrc中写入
安装ParFlow
在~/software/source_software目录中
1 2 3
| tar -zxvf parflow-3.6.0.tar.gz mv parflow-3.6.0 parflow cd parflow
|
注意路径一定要正确,一定要写到可执行文件tclsh8.6。
随后:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
| cmake ../parflow \ -DPARFLOW_AMPS_LAYER=mpi1 \ -DPARFLOW_HAVE_CLM=ON \ -DSILO_ROOT=${SILO_DIR} \ -DHYPRE_ROOT=${HYPRE_DIR} \ -DPARFLOW_AMPS_SEQUENTIAL_IO=true \ -DCMAKE_BUILD_TYPE=RELEASE \ -DPARFLOW_ENABLE_TIMING=TRUE \ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${PARFLOW_DIR} \ -DTCL_TCLSH=$TCL_DIR/bin/tclsh8.6
|
之后,再:
1 2 3 4
| make make install cd test make test
|
执行make test后输出的内容如下:
完。