以“天河二号”超级计算机为例,安装实验日期为2022年5月14日
ParFlow安装版本为3.10,其它版本请预先确定兼容性,小心使用
配置.bashrc
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| module load intelcompiler/14.0.2 MPI/mpich/3.2.1-icc-14.0.2-dynamic module load cmake/3.16.4 module load silo/4.10.2-icc-14.0.2-mpich-3.2.1 module load hypre/2.10.1-icc-14.0.2 module load tcl/8.6.8-gcc-4.8.5 export F90=mpif90 export F77=mpif77 export FC=mpif90 export CC=mpicc export CXX=mpicxx module load cmake/3.16.4 export SILO_DIR=/BIGDATA1/app/silo/4.10.2-icc-14.0.2-mpich-3.2.1 export HYPRE_DIR=/BIGDATA1/app/hypre/2.10.1-icc-14.0.2 export TCL_DIR=/BIGDATA1/app/tcl/8.6.8-gcc-4.8.5
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安装ParFlow
解压缩ParFlow安装包
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| tar -zxvf parflow-3.6.0.tar.gz mv parflow-3.6.0 parflow cd parflow
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安装ParFlow(ParFlow-CLM)
安装完成之后,运行客户端并填写主机地址、端口、账号、密码,进入客户端命令行。
随后,开始安装
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| mkdir build cd build cmake ../parflow -DPARFLOW_AMPS_LAYER=mpi1 -DPARFLOW_HAVE_CLM=ON -DSILO_ROOT=${SILO_DIR} -DHYPRE_ROOT=${HYPRE_DIR} -DPARFLOW_AMPS_SEQUENTIAL_IO=true -DCMAKE_BUILD_TYPE=RELEASE -DPARFLOW_ENABLE_TIMING=TRUE -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=安装路径 -DTCL_TCLSH=$TCL_DIR/bin/tclsh8.6 make make install
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使用ParFlow
ParFlow提交作业的脚本范例如下:
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| ```bash #!/bin/bash export PARFLOW_DIR=/parflow安装路径 export SILO_DIR=/BIGDATA1/app/silo/4.10.2-icc-14.0.2-mpich-3.2.1 export HYPRE_DIR=/BIGDATA1/app/hypre/2.10.1-icc-14.0.2 export TCL_DIR=/BIGDATA1/app/tcl/8.6.8-gcc-4.8.5 #================================= export LD_LIBRARY_PATH=$PARFLOW_DIR/lib:$PARFLOW_DIR/bin:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=$SILO_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=$HYPRE_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=$TCL_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH export PATH=$PARFLOW_DIR/bin:$PATH export PATH=$SILO_DIR/bin:$PATH export PATH=$TCL_DIR/bin:$PATH #================================= export GLEX_USE_ZC_RNDV=0 tclsh ./overlandflow.tcl ```
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提交命令:
运行测试时,由于算例是通过tclsh脚本提交,因此tclsh只能占用1个进程,可通过-c参数设置算例运行使用的cpu,因此,提交命令为:
yhbatch -N 节点数 -n 进程数 -c 24 脚本名
如算例需要使用6*6的核心,可使用2个节点,提交命令为:
yhbatch -N 2 -n 2 -c 24 脚本名 (注意,这里需要加上-c 24)。
ParFlow运行环境与运行状态
运行环境:
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| 1) intelcompiler/14.0.2 6) blas/3.5.0-icc-14.0.2 2) intelcompiler/mkl-14 7) lapack/3.5.0-icc-14.0.2 3) MPI/mpich/3.2.1-icc-14.0.2-dynamic 8) hypre/2.10.1-icc-14.0.2 4) cmake/3.16.4 9) tcl/8.6.8-gcc-4.8.5 5) silo/4.10.2-icc-14.0.2-mpich-3.2.1
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运行状态下某时刻的cpu利用率: